Početkom Drugog svjetskog rata civilni zračni promet se drastično smanjuje, pa pred kraj ostaje još samo jedna linija tjedno prema Beču. Za rata se aerodrom koristio uglavnom u vojne svrhe regularne vojske, odnosno domobranstva. Nijemci su ga smatrali strateškim objektom u Zagrebu pa se smještaju na njega. Od svibnja 1941. do 1943. na njemu je bila stalno jedna od njemačkih pilotskih škola.